Unverträglichkeiten (Fruktose, Laktose, Sorbit) können mit Hilfe eines H2-Atmenstests festgestellt werden. Hierbei ist nicht vorwiegend das reine Testergebnis ausschlaggebend, sondern vor allem ob Beschwerden aufgetreten sind. Des Weiteren besteht auch die Möglichkeit, dass der Test negativ ausfiel, jedoch Beschwerden (Blähungen, Übelkeit, Durchfall, …) bemerkbar wurden. Dies kann passieren, da die meisten H2-Atmetest-Geräte nur den Anstieg des Wasserstoffs messen können, jedoch nicht den von Methan.

Da am Ende des Tages nicht das Testergebnis zählt (denn dieses kann auch falsch positiv oder falsch negativ sein), sondern wie oben beschrieben ob Beschwerden vorhanden waren, besteht auch die Möglichkeit die Testsubstanzen Milchzucker (Laktose), Fruchtzucker (Fruktose) oder den Zuckeralkohol Birkenzucker (Xylit) in Form eines Getränks oder Lebensmittels zuzuführen und anschließend durch Fragebögen (alle 30 Minuten) zu evaluieren ob Beschwerden vorhanden sind und falls ja, in welcher Intensität.